Организационная структура Еврорегиона выглядит следующим образом:

•  Совет Еврорегиона высший орган управления
•  председатель Еврорегиона
•  вице-председатели Еврорегиона
•  комиссии из сфер деятельности
•  координационный центр
  
  Совет, председатель и вице-председатели Еврорегиона представляют Еврорегион во внешних отношениях с целью продвижения межрегионального сотрудничества между его членами. Председателем Еврорегиона “Нижний Дунай” с марта 2003 председателем является Штефан Брату – председатель района Кахул (Республика Молдова).
  
  С июля 2000 года по ноябрь 2002 года председателем Еврорегиона был Сергей Гриневецкий – глава Одесской областной государственной администрации.
  За время его председательства Еврорегион “Нижний Дунай” в 2001 году был принят в состав Ассоциации Европейских Пограничных регионов, в октябре 2002 года Еврорегион “Нижний Дунай” был отмечен почетным знаком данной организации - “Парус Папенбурга”, как Еврорегион, наиболее динамично развивающиеся.
  
  В состав Совета Еврорегиона “Нижний Дунай” от  Ренийского района входит Николай Михайлович Ангеловский – председатель Ренийской районного совета.
  
  
  Координаторами Еврорегиона от Одесской области являются Бабаян Г.Т. – директор агентства трансграничного сотрудничества «Еврорегион «Нижний Дунай» и Беляев А.М.
  Комиссии по сферам деятельности формируются на основе решений Совета Еврорегиона путем номинализации конкретных лиц и установления полномочий каждого.

В качестве основных целей Еврорегиона “Нижний Дунай” определены:
• достижение гармоничного и сбалансированного развития экономической деятельности в пограничных регионах наших стран;
• решение ряда вопросов и проблем в сфере охраны окружающей среды;
• обеспечение соответствующего уровня занятости и социальной защиты населения;
• создание условий для повышения уровня и качества жизни в наших регионах;
• осуществление интеграции транспортной инфраструктуры наших регионов в единственную сеть европейских транспортных коридоров;
• формирование единого культурного пространства в Придунавье;
• решение ряда вопросов, которые касаются борьбы с организованной преступностью, предупреждение и ликвидации последствий стихийных бедствий и техногенных катастроф.

В рамках Еврорегиона созданы следующие комиссии по сферам деятельности:
• комиссия по региональному развитию, программам и межрегиональному сотрудничеству;
• комиссия по экономики и финансовому аудиту;
• комиссия по транспорту и коммуникации;
• комиссия по демографии;
• комиссия  окружающей среды и чрезвычайных ситуаций;
• комиссия по гуманитарному развитию и междунациональным отношениям;
• комиссия по безопасности граждан и борьбе с преступностью.